Il y a soixante-quinze millions d'années — Une grande ère glaciaire s'est terminée. Avec un réchauffement massif modifiant le globe, une autre lutte titanesque pour la suprématie a involontairement commencé entre les différentes espèces animales.

Dominant Species: Marine est un jeu qui recrée de manière abstraite une petite partie de l'histoire ancienne : la fin d'une ère glaciaire onéreuse et ce que cela implique pour les créatures vivantes essayant de s'adapter à la terre en évolution lente.

Chaque joueur assumera le rôle de l'une des quatre principales classes d'animaux aquatiques : reptiles, poissons, céphalopodes ou crustacés. Chacun commence le jeu plus ou moins dans un état d'équilibre naturel les uns par rapport aux autres. Mais cela ne durera pas : il s'agit bien de la « survie du plus apte ».